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一种基于转录组测序开发鸟巢蕨EST-SSR引物的方法
审中-实审

申请号:201510275623.4 申请日:2015-05-26
摘要:本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种基于转录组测序开发鸟巢蕨EST-SSR引物的方法,其包括如下步骤:1)构建转录组文库;2)转录组数据的获得,利用Trinity软件对测序数据进行拼接,将序列拼接成一个完整的转录组;3)SSR位点查找:结合Perl编程语言方法,对大量序列信息进行批量处理,进行SSR位点查找;4)批量设计EST-SSR引物。选择不同的蕨菜材料对设计的SSR引物进行验证,若有条带检测出,即为成功的SSR引物。应用本方法成功地设计了4063对SSR引物,为鸟巢蕨EST-SSR引物开发进而实现分子标记辅助选择育种提供了新的方法和思路。
申请人: 江苏省农业科学院
地址: 210000 江苏省南京市玄武区钟灵街50号
发明(设计)人: 贾新平 邓衍明 孙晓波 梁丽建
主分类号: C12Q1/68(2006.01)I
分类号: C12Q1/68(2006.01)I C12N15/11(2006.01)I
  • 法律状态
2016-02-24  实质审查的生效IPC(主分类):C12Q 1/68申请日:20150526
2016-01-27  公开
注:本法律状态信息仅供参考,即时准确的法律状态信息须到国家知识产权局办理专利登记簿副本。
  • 其他信息
主权项  一种基于转录组测序开发鸟巢蕨EST?SSR引物的方法,其特征在于:包括以下步骤:1)构建转录组文库:提取鸟巢蕨叶片总RNA,分离mRNA,反转录合成并纯化cDNA,末端修复、加腺嘌呤核苷连接测序接头,通过琼脂糖凝胶电泳回收大小为200~700bp的片段,将回收片段进行PCR扩增,即构建得到转录组文库;2)转录组数据的获得:将步骤1)得到的转录组文库用Illumina?HiSeqTM2000平台进行测序,采用Illumina双末端测序方法,获得转录组测序数据;利用Trinity软件对测序数据进行拼接,将序列拼接成一个完整的转录组;3)SSR位点查找:安装Perl语言,从http://pgrc.1pk?gatersleben.de/misa下载est_trimmer.pl并运行以去除所述转录组序列中小于100bp的短序列和大于2000bp的长序列;从http://www.bioinformatics,org/cd?hit/中下载CD_HIT软件,利用其去除冗余序列;从http://pgrc.1pk?gatersleben.de/misa下载使用MISA软件以查找和定位序列中SSR位点,参数设置如下:单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸的重复次数至少为10、8、5、4、3和3;4)设计EST?SSR引物:使用软件primer3.0http://sourceforge.net/projects/primer3/files/primer3/l.1.4/primer3?1.1.4?WINXP.zip/download批量设计SSR引物,设定标准为:引物长度为18~23bp,GC含量为40%~60%,Tm值55℃~65℃,并且上下游引物Tm值相差不超过5℃,产物大小为150~400bp。
公开号  105274198A
公开日  2016-01-27
专利代理机构  常州佰业腾飞专利代理事务所(普通合伙) 32231
代理人  翁斌
颁证日  
优先权  
国际申请  
国际公布  
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